应用笔记 | 一键get：基因组De novo测序、重测序、QTL测序、Low-pass WGS……细数农业领域测序研究与应用

测序技术在农业领域发挥着越来越重要的作用，包括农作物、畜禽动物、水产生物等。近年来，我国科学家在畜牧和作物分子育种的基础研究领域取得了重大进展，基于高通量测序从基因组图谱构建到基因挖掘，最后到分子育种实现全线贯穿, 突破一系列关键技术，日益提升农业行业的整体竞争力。

目前，基于华大智造DNBSEQ测序平台已开展了广泛的农业基因组学领域应用，例如通过对重要的农业动植物进行De novo测序获得参考基因组图谱；基于测序技术开发的动植物重测序、QTL测序等技术挖掘重要的与特定性状相关的基因位点；而Low-pass WGS测序则有助于农业物种的育种改良，提升育种效率，加快育种周期。本篇总结了华大智造在农业领域的四篇应用笔记的要点，并在文末附有详细笔记的下载链接。全文约2000字，阅读时长约3-5分钟。

1. 基于MGISEQ-2000测序平台完成了漆树的染色体级别的高质量基因组测序和组装，为探索漆酚的生物合成路径和分子育种研究提供重要支撑。
2. 基于MGISEQ-2000测序平台进行了家蚕品系重测序及多品系间的变异分析，完成了家蚕种质资源调查，为后续种质资源保存及定向选育特定品系提供数据支持。
3. 基于MGISEQ-2000测序平台对油菜的遗传分析支撑，进而确定油菜中控制高度的关键QTL位点，应用于油菜的矮化育种以增加油菜产量和改善株型。
4. 基于MGISEQ-2000测序平台开发了杜洛克猪低深度全基因组测序和分析方案，并通过高通量测序技术解析了猪的重要经济性状遗传结构。

发表期刊：iScience

发表时间：2022年7月15日

基因组De novo测序即从头测序，是不依赖于任何参考序列对某物种进行测序，对序列进行拼接、组装，从而获得该物种全基因序列图谱，为该物种后续的研究和产业化应用奠定基础，华大智造DNBSEQ平台能够有效助力物种的基因组De novo测序。

漆树分泌的“生漆”汁液是一种优良的粘合剂材料，具有防腐、防锈、耐高温等多种性能。我国漆树种质资源丰富但仍处于传统育种阶段，基因组背景的缺乏严重制约漆树资源综合研究和利用。华大智造DNBSEQ平台高效准确的De novo测序助力陕西省植物研究所完成漆树染色体级别的高质量基因组测序，首次公布漆树的基因组图谱和重要生产性状候选基因。该研究采用了华大智造MGISEQ-2000测序平台进行漆树基因组组装工作，其中包括对长读长数据进行纠错、产出Hi-C数据用于基因组染色体构建以及RNA-seq等，为探索漆酚的生物合成路径和开展漆树分子育种研究提供了重要支撑，也为漆树科比较基因组学、进化生物学等研究奠定了基础。

发表期刊：Scientific Data

发表时间：2022年4月26日

全基因组重测序是对已有参考序列物种的不同个体进行基因组测序，进行个体或群体水平的遗传差异性（SNP、InDel和SV等）分析。全基因组重测序有助于快速发现与动植物重要性状相关的遗传变异，缩短分子育种的实验周期。目前，华大智造DNBSEQ平台已助力37种家蚕品系的全基因组测序，通过家蚕的样本实例为其他经济物种的研究与利用提供了完整的思路和方案。

韩国全南大学 Iksoo Kim 教授团队基于华大智造MGISEQ-2000平台对37 种家蚕品系中的部分种系进行了全基因组序列组装、表型特征描述以及变异检测和系统发育分析，为家蚕基因组的研究提供了宝贵资源，可用于开发定制的杂交品系，以应对养蚕环境的变化和当地农民的要求，同时为各种表型的分子水平背景研究提供更多参考。

发表期刊：Genes Genomes Genetics

发表时间：2021年4月9日

作物的品质、产量和抗逆性等许多农艺性状都是数量性状。随着分子标记、种群作图和统计分析方法的不断更新和改进，数量性状位点（QTL）作图已被证明是剖析复杂数量性状遗传机制的有效途径。近年来，很多作物重要农艺性状QTL区间内的候选基因被分离和克隆。

中国农业科学院油料作物研究所和华中农业大学国家油菜改良中心团队使用MGISEQ-2000测序平台对200份油菜F2分离群体进行QTL测序分析以及特定部位的转录组测序，最终在油菜的10号染色体中鉴定到控制油菜株高的关键QTL位点，并通过转录组数据和基因功能注释分析确定了相应的候选基因，可应用于油菜的矮化育种，以增加油菜产量和改善株型等。

发表期刊：GigaScience

发表时间：2021年7月20日

低深度全基因组测序是一种新的低成本测序标记方法，已经用于人类和一些动物物种的全基因组关联研究和基因组选择预测。中国农业大学胡晓湘教授与华南农业大学吴珍芳教授团队基于华大智造MGISEQ-2000测序平台，开发了杜洛克猪低深度全基因组测序和分析方案，并通过高通量测序技术解析了猪的重要经济性状遗传结构，并系统分析人工选择对于杜洛克猪选育过程中基因组结构变化产生的影响，填补了在没有优质参考单倍型数据库的畜禽物种中的高效高质填充SNP方法，对育种中重要的“卡脖子”问题提出解决方案。

在农业基因组领域，华大智造可提供不同场景的全流程产品，应用于物种经济性状标记物的开发等多组学研究方向，保护农作物和牲畜健康，助力全球农业发展。

“码”上下载

华大智造农业领域Appnote

“码“上关注

华大智造MGISEQ-2000